La solución la he encontrado en la aplicación lxSplit que es completamente compatible con el formato de archivo de HJSplit antes comentado.
En Debian y derivados (Ubuntu, Mint, etc) se instala así desde la TERMINAL: (pero habria que agregar el repo de debian multimedia primero)
sudo apt-get install lxsplit
Después para unirlos en la TERMINAL tienes que posicionarte en el directorio donde tienes guardados los archivos a unir, por ejemplo si los archivos estan en una carpeta en el escritorio tienes tipear:
cd /home/Aqui_Tu_Usuario/Escritorio/Nombre_De_La_Carpeta
Una vez alli tipear:
lxsplit -j nombredelarchivo.001
